Las universidades interculturales en México iniciaron su proceso de formación en el año 2000 como resultado de una reforma constitucional que incluyó al factor intercultural como un eje para el desarrollo social a través de la educación. Tras 11 años de implementación, al 2015, el sistema de universidades interculturales ha cumplido con un ciclo de formación de 11 universidades ubicadas en diversas regiones indígenas del país.

El proceso de formación del Sistema de Universidades Interculturales tiene fundamento en los artículos 1º, 2º, 3º y 4º de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos y es hasta al año de 1996, con la concreción de los acuerdos de San Andrés Larraizar, que la política pública educativa comienza a considerar al factor intercultural como un elemento importante en la configuración de contenidos y de nuevos esquemas de enseñanza.

Los instrumentos normativos considerados en la fundamentación de las universidades interculturales varían en función al decreto o acuerdo de creación; sin embargo, 8 de las 11 universidades interculturales consideran al artículo 2 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos como el principal fundamento jurídico que motiva su creación; en segunda instancia se encuentra la Ley General de Derechos Lingüísticos de los Pueblos Indígenas; para después fundamentar la apertura en el Programa Nacional de Educación 2001-2006, así como en los distintos planes estatales de desarrollo.